肛管癌真正病因尚未明了，但有研究表明它是多因素作用下多基因失控所致，以往注意到长期慢性刺激如肛瘘、湿疣和免疫性疾患（如Crohn病）与肛管癌发生有关。近年来发现人乳头状病毒（HPV）与它有密切关系，特别是HPV-16，50%～80%的肛管癌细胞中有HPV-16。性行为异常也是肛管癌的高危因素，男性同性恋患者47%有肛管湿疣史，其肛管癌发病危险系数是正常配偶的12.4倍。女性患者中30%有*史。免疫抑制如肾移植术后患者，肛管癌的发病率要比正常人群高100倍。肛管癌也存在基因表达异常，67%的肛管癌可见p53基因突变，71%的肛管癌有癌基因C-myc的表达，且分布异常。此外，也有人注意到吸烟也是肛管癌的重要诱因，有吸烟史的男、女性发病率分别是正常人的9.4倍和7.7倍。
肛管是内、外胚层交接之处，所以肿瘤组织学来源较为复杂。大致分为3大类：上皮细胞肿瘤（如鳞状上皮癌、基底细胞癌、腺癌等）、非上皮细胞肿瘤（如肉瘤、淋巴瘤等）和恶性黑色素瘤。肛管癌以鳞状细胞癌最多见，约占2/3以上。按细胞分化程度分高、中和低分化癌。少数为腺癌。至于肉瘤和淋巴瘤在肛管区少见。恶性黑色素瘤在肛管直肠肿瘤中不足1%。中山医科大学肿瘤医院统计肛管直肠肿瘤574例中，仅有4例黑色素瘤，占0.7%。但其恶性度极高，生长快，迅速转移至区域淋巴结和其他脏器，预后甚差。
肛管癌扩散途径主要是淋巴道转移，而且主要是沿直肠上动脉向上方转移至直肠旁淋巴结，汇成直肠上淋巴结，继而转移到肠系膜下动脉周围。肛管癌亦可向侧方淋巴转移至髂内、髂总淋巴结。向下方转移主要向前经过会阴及大腿内侧部皮下组织到达腹股沟浅淋巴结，少数向后沿臀部外侧经两侧髂嵴进入腹股沟浅淋巴结，最后均汇至腹股沟深淋巴结和髂外、髂总淋巴结。可见，腹股沟淋巴结转移常可成为第1站淋巴结转移，与直肠癌有所不同。其次，肛管癌局部扩散可侵入肛门括约肌、阴道后壁、会阴、前列腺和膀胱，造成肛管阴道瘘或肛管膀胱瘘，所以在行腹会阴联合直肠切除术治疗肛管癌时，会阴部切除范围应较直肠癌手术时广泛。肛管癌第3条扩散途径是经血道至肝、肺、骨、腹膜等。
肛管癌的临床表现易与肛瘘、息肉、肛裂、肛周脓肿、性病肉芽肿、肛管皮肤结核、肛周皮肤癌相混淆，应予鉴别。
1、直肠癌中下段直肠癌同样以血便、大便习惯改变较频、里急后重等为主诉，有的肿瘤可侵犯齿状线，造成临床上难以区分直肠癌或肛管癌。但只要注意到直肠癌肛门疼痛较少见或较韧，指检或直肠时可以判定肿瘤中央位置在齿线上或下。另外，活检直肠癌多数为腺癌。直肠腺癌较少有腹股沟淋巴结转移，除非晚期，上行淋巴道堵塞才逆行至腹股沟淋巴结。一般直肠腺癌的预后较肛管癌为佳。
2、肛瘘临床上多见，一般以肛旁脓肿开始，局部疼痛明显，脓肿破溃后形成瘘，疼痛亦随之减轻。肛瘘多数在肛管后正中处，并与齿状线相连，肛管黏膜完整。有时形成硬结或条索状。指检时挤压可见瘘口流出脓性分泌物，往往在坐浴和抗感染后症状好转。肛瘘用探针检查即可证实，如疑有癌变，则应活检明确诊断。
3、肛周皮肤癌肛周皮肤癌常伴肛门不适、明显瘙痒、肛门缘有小肿物并逐渐增大，生长缓慢、疼痛较轻，形成溃疡后有腥臭分泌物，边缘隆起外翻。活检为分化较好的鳞状细胞癌，角化多，恶性度低，不易发生转移，放射治疗效果良好。检查时只要细心观察，可见肿瘤中心点是在肛门缘以下。尽管已发生溃疡，腹股沟淋巴结转移也不多。
4、恶性黑色素瘤该肿瘤在肛管处少见，典型的黑色素外观似血栓性内痔，但触诊为硬性结节，偶有压痛。表面有色素及溃疡，诊断不难。值得注意的是，半数黑色素瘤可无色素而致误诊。活检可确诊。
影响肛管癌预后的因素主要是肿瘤的分期，尤其是肿瘤浸润的深度对5年生存率有极大影响。T1、T2者5年生存率可达70%～100%，而T3、T4者只有10%～40%，肿瘤若侵犯肌肉或括约肌外软组织，术后复发率高达60%以上。区域淋巴结转移更是预后的不良因素，特别是腹股沟淋巴结与原发瘤同时发现，预后不良。远处转移显示癌瘤已进入晚期，多见于肝、肺、骨骼、大脑等。
肿瘤的分化程度与预后有关，分化好的无区域淋巴结转移者，5年生存率达75%;分化差又有区域淋巴结转移者仅为24%。组织学类型与预后亦明显相关，肛管癌大多是鳞状细胞癌，预后比腺癌、黑色素瘤好，后者术后多在1.5年内死亡，Brady（1995）汇总1980～1990年6个资料，共计231例肛管直肠黑色素瘤，术后平均生存12～18.6月。肛管黑色素瘤对放化疗均敏感，应首先行Miles术，Brady报告71例肛管直肠黑色素瘤经腹会阴切除术后5年生存率为27%。
综合治疗比单一治疗者预后好，国外联合放化疗为主的综合治疗后病人5年生存率提高到65%～80%，而单纯手术治疗仅45%～70%，综合治疗局部复发率比单纯手术治疗低20%左右。
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